- Macにmne-pythonが回る環境構築をした．
- 公式HPには，PyQt5>=5.10をしろと書いてありましたが，Spyderが動かなくなった．．
- 試しに公式のtime-frequencyのチュートリアルを回した．
mne-pythonは，脳波(EEG)や脳磁図(MEG)の解析をする上で非常に有効なツールです．
（公式HP：MNE-MNE 0.18.2 documentation）
Python で動かすことができるので非常に便利です．
では，早速，インストールをしていきましょう．
こちらの公式HPをインストールを参考に進めます．
(公式HP：Installing MNE-Python)
MNE-Pythonのインストールの前に
MNE-Ptyhon 0.18(2019年8月19日の時点)をインストールしていきます．
このバージョンは，python 3.5以上のものしかサポートしていないようです．
また，Anacondaのディストリビューションが推奨されています．
(参考：Anaconda Distribution)
MNE-Pythonをインストールする前に，Anacondaの環境構築を済ませていてくださいね！
（Installation instruction for Anaconda）
condaとpythonのバージョンを確認します．
conda が4.5.11
pythonが3.5.6
ですね．
mne-pythonのversionが2019年8月19日の時点でv016で，python3系で動くようです．
（以前は，v015で，python2系だったようです．）
インストール
Anacondaのインストールが終わった後は，早速MNE-Pythonのインストールを行っていきましょう．
pipを使用してPyQtを更新します．
1 2 3 | $ curl --remote-name https://raw.githubusercontent.com/mne-tools/mne-python/master/environment.yml $ conda env update --file environment.yml $ pip install "PyQt5>=5.10" |
2行目で結構時間がかかるので待ちましょう．
(ちなみに，3行目も実行しましたが，Spyderが使えなくなりました．)
(なので，また戻しました．)
エラーに会いました．
ERROR: Complete output from command /Users/ueharakenyuu/.pyenv/versions/anaconda3-4.1.1/bin/python -u -c ‘import setuptools, tokenize;__file__='”‘”‘/private/var/folders/cb/ks9jz12d10q9nqp_wr7tg8540000gn/T/pip-install-3cjmqfzs/mayavi/setup.py'”‘”‘;f=getattr(tokenize, ‘”‘”‘open'”‘”‘, open)(__file__);code=f.read().replace(‘”‘”‘\r\n'”‘”‘, ‘”‘”‘\n'”‘”‘);f.close();exec(compile(code, __file__, ‘”‘”‘exec'”‘”‘))’ bdist_wheel -d /private/var/folders/cb/ks9jz12d10q9nqp_wr7tg8540000gn/T/pip-wheel-vndh8cb7 –python-tag cp35:
(中略)
ERROR: running bdist_wheel
ImportError: No module named ‘vtk’
—————————————-
ERROR: Failed building wheel for mayavi
mayaviのインストールに失敗でもしたのでしょうか．
以下のサイト等を参考にしながら突き進みました．
$ pip install “PyQt5>=5.10″をすると，pipのアップグレードをやれと言われたので，ここでpip install –upgrade pipをしておきます．
mayaviのエラーが気になりますが，Testing MNE-Pythonのインストールを行います．
1 | $ python -c 'import mne; mne.sys_info()' |
なんかいけたっぽいです．
インストールができたか確認
立ち上げはactivate mne，終了はdeactivateです．
ん！？
コマンドが見つからないらしいし．
こうなったらSpyderを立ち上げます．
ん！！！？
ValueError: PyCapsule_GetPointer called with incorrect name
なんか変なエラーが出てきました．笑
もう，しょうがないなー
Qtをいじったから，変なのが出たようです．
(参考：https://stackoverflow.com/questions/55794101/valueerrorpycapsule-getpointer-called-with-incorrect-name-with-from-pyqt5-qtwe)
ここら辺はさっぱり分かりません．笑
conda update spyder をやってみます．
それでもうまくいきませんでした．
解決策は，PyQt5にダウングレードするしかないようです．
くそ！
pip install PyQt5==5.10.1を実行します．
そうすると，ようやく，Spyderが起動しました．
手間とらせやがって，でも大丈夫なのか！？笑
Spyderで今度こそ確認
試しに，こちらのページに記載されているソースコードを回してみました．
(参考：Frequency and time-frequency sensors analysis)
参考のサイトを回したら，周波数結果が出てきた！
あまり大した結果ではないですが，mne-pythonがとりあえず回ったことを確認できたので，そのまま色々と使っていきたいと思います．
また何かエラーが記事を更新します．
また関連ですが，前回EEGLABの紹介もしましたので参考記事も貼っておきます．
(参考：脳波の解析はツールを使えばかなり簡単です！みんなやろう！！笑)
